39天孕囊还没到达子宫，所以看不见孕囊是正常的。39天发生宫外孕出血的可能性较少。如果疼痛加重感觉有便意，就要去医院跟踪检查了，一般有过盆腔炎或是以前做过人流手术的女性发生宫外孕的可能性大些。