如果协商的是停薪留职，公司如果在停职期间为员工缴纳社保、公积金，扣除相应费用是合理的；除此情况，扣工资是违法的。 可以不申请辞职，公司不得违法与孕期劳动者解除劳动合同，并需要支付全额工资。 根据《女职工劳动保护规定》 第五条　用人单位不得因女职工怀孕、生育、哺乳降低其工资、予以辞退、与其解除劳动或者...聘用合同。 第八条　女职工产假期间的生育津贴，对已经参加生育保险的，按照用人单位上年度职工月平均工资的标准由生育保险基金支付；对未参加生育保险的，按照女职工产假前工资的标准由用人单位支付。 女职工生育或者流产的医疗费用，按照生育保险规定的项目和标准，对已经参加生育保险的，由生育保险基金支付；对未参加生育保险的，由用人单位支付。