造成子宫附件囊肿的原因一是炎症所引起，二是内分泌失调所造成。囊肿可以是生理性的（即是正常的随生理周期的变化可以自然消失的）或病理性的（由于疾病而形成的囊肿），生理性的囊肿无需手术可以使用康美丹治疗，而病理性的囊肿，往往需要手术来明确诊断并作相应的处理。