异位的子宫内膜与行经一样，发生周期性出血，血液不能外流，刺激盆腔腹膜，发生粘连，形成疤痕。卵巢可因粘连包绕卵巢，卵子排不出；或因子宫内膜异位囊肿;(又称巧克力囊肿)，异位于卵巢内的内膜病灶破坏了卵巢实质，引起排卵障碍或导致黄体功能不足。输卵管浆膜粘连成束、扭曲，或因输卵管本身的异位症而发生变形、管腔...部分或完全阻塞，从而影响摄取卵子；或因子宫与直肠粘连，致使子宫后倾固定，宫颈口前翘，使精子不易进入子宫口。以上种种原因。均可造成不孕。