你好，巧克力囊肿可能影响到怀孕。并且这个药物治疗也没有什么效果，需要手术摘除，这个手术是只摘除囊肿，一般不会影响到卵巢功能的，如果准备要宝宝的话，可以先治疗以后再放心备孕。当然如果已经怀孕，那么可先不用管，怀孕后不来月经了，巧克力囊肿也不会有症状和生长。