子宫内膜异位症的治疗原则上症状轻微者采用非手术疗法;有生育要求的轻度患者先行激素治疗，病变较重者行手术治疗;年轻无生育要求的重度患者可采用保留卵巢功能手术辅以激素治疗;症状和病变均严重的无生育要求患者可考虑根治性手术。

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子宫内膜异位症理论上讲可以异位于身体任何部位，子宫内膜异位于卵巢：巧克力囊肿；子宫内膜异位于子宫肌层称为：子宫肌腺症；巧克力囊肿和子宫肌腺症属于子宫内膜异位症中比较多发和常见的。西医手术以及激素治疗复发几率高，可考虑中医保守治疗。