A、该病是由一对基因控制的单基因遗传病，A错误；B、可通过羊水检查确定胎儿是否染色体遗传病，而镰刀型贫血症是由基因突变引起的，不能通过羊水检测确定，B错误；C、镰刀型细胞贫血症的根本原因是基因突变，C正确；D、调查该病的发病率应以社会群体为调查对象，D错误．故选：C．