您好，怀孕三个月的时候肚子不舒服，有可能是由于您的饮食的关系导致肠道蠕动减慢引起的，也可能是肠道痉挛导致的，但是需要排除是否有胎儿方面的影响，建议您可以做个B超检查看看胎儿情况，以便确定胎儿安全，平时多休息，避免过于劳累，熬夜等情况。