女性会因为这个黄体功能不全导致孕酮低，有导致胎停流产的可能。但是现在大家会有一些误解，把由于黄体功能不全造成原发性孕酮低导致流产的情况扩大化了。有一部分自然流产确实是黄体功能不全导致的，不过概率不高。大部分流产是由于胚胎本身发育的问题，如染色体发育异常或者母体甲状腺功能减低引起的，这些情况会表现务队为继发性孕酮低。如果胚胎有问题本身就相实无法存活，长到一定程度后，滋养细胞会自然死亡，孕酮减少，这种孕酮的减低是继发于胚胎本身凋亡以后的下降，在无法取得绒毛组织进行柿玻锈染色体核型分析或基因分析的情况下，只单纯于查孕酮时，都表现为孕酮低，所以很多人就会认为是因为孕酮低导致的流产。换句话说，40%的流产原因是胚胎本身发育问题，而不是原发性的孕酮低。