员工不能以怀孕为由，长期不上班，如果超过一定的期限，可以按照公司相关规定按照自动离职处理。 根据我国劳动合同法的规定，女职工在孕期、富崭患化做产期、哺乳期的，用人单位不得解除劳动合同。除非孟愿劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同： （一）在试用期间被证明不符合录用条件的； （二）严重违反用人单位的规章制度的； （三）严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的； （四）劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的； （五）以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立或者变更劳动合同的，致使劳动合同无效的； （六）被依法追究刑事责任的。