多数的无脑症都可以在怀孕的中期及早发现。怀孕贸乡期间的诊断包括两种方法：检测孕妇的血液或羊膜险某液之中的甲型胎儿球蛋白（AFP）含量，并且直接用超音波观察。从名称上可以看出，甲型胎儿球蛋白来自胎儿，在胎儿的脑脊髓液之中浓度很高，但通常在羊膜液中的浓度是很低的。假如神经管闭合不良，这种蛋白质(原来应在胎儿的脑与脊髓的腔室内)就会渗到羊膜液里，再经由胎盘进入孕妇的血液。因此，孕妇的血液或羊膜液中如果有高浓度的甲型胎儿球蛋白，都表示胎儿的神经管有缺陷(脊柱裂病例中，有六分之一的脊髓缺陷是由皮肤封起来的，所以甲型胎儿球蛋白不会漏入羊膜液，上述检验法也就测不出来。这种情形叫作“闭合”无脑症，情况大多较不严重）。 孕妇抽血检验以怀孕第十六至第十八周最为理想，因为这时候查出甲型胎儿球蛋白浓度里一常的机率最大。然而，这项检验只是神经管缺陷的初步筛检，有时候验出的阳性反应未必正确，因为这可能是由于确实怀孕期比推算的日期早，或由于胎儿不只一个。所以，如果孕妇验血为阳性反应，按例要再作羊膜穿刺，同时检验甲型胎儿球蛋白和另一种胎儿的脑酵素：乙腺胆硷脂酶的含量，这个检验结果可以确立或推翻先前的阳性反应结果。最后再用超音波直接检查脑部与脊髓有无缺陷。这些检查都有某收福度的误差，但是，合并扬府然两、三种检查方法如今已可在怀孕前半期结束之前，检出将近93％的无脑症病例。 因为有上述的精密检查方法，过去十多年中出生的神经管缺陷婴儿已大为减少。一旦多项检查证实胎儿有严重的无脑症，多数父母会决定中止怀孕。