药流存在着很大的副作用，药流很容易引起月经失调。它的作用机理是通过化学方法使受精卵无法发育，然后坏死、脱落。如果药流失败或不全，会引起出血时间过长，而导致贫血，以及并发子宫内膜炎、盆腔炎等妇科炎症。药流服药后会有胃肠道反应，表现为恶心、呕吐、腹泻及由于子宫收缩可产生下腹痛，个别人有发热、头晕、皮肤潮...红及发麻等症状。另外，药流服药后约有25%的女性，会有流产失败或者流产不全的情况，这样就必须进行清宫术。此外，药流时虽已排出绒毛胎囊，但子宫内的蜕膜组织则是慢慢排出的，故出血时间较长，平均18-20日。部分妇女会因出血多、时间长而导致贫血或并发子宫内膜炎、盆腔炎等。