有出血的风险。有时穿刺选取的位置穿过胎盘，或穿过子宫壁上丰富的血流，容易导致出血，但因为穿刺针很小，创口的血液会自凝。还有荒梨手术感染的风险。标准实验室的感染几率可以通过无菌操作把感染风险降到最低。总的来说，羊水穿刺的风险一般不超过1%，而且在操作的过程中会想尽办法降少风险，如使用最细的针；在超声引导下看清胎盘和胎儿的位置，穿刺时尽量避开胎盘北铜；有时遇到整个子宫法绣索前壁都是胎盘，必须穿过胎盘取羊水标本的情况下，医生也会运用手术技巧快速穿过胎盘，减少出血情况。