男性沙眼衣原体感染的症状中易并发附睾炎，表现为附睾肿大，变硬及触痛，多为单侧，部分患者的抗沙眼衣原体抗体升高，可直接从附睾抽吸液中分离出沙眼衣原体。男性沙眼衣原体感染的症状中有关涉及睾丸的情况为：可出现睾丸炎，表现为睾丸疼痛、触痛、阴囊水肿及输精管变硬变粗等。男性沙眼衣原体感染的症状中有关涉及前列腺的情况为：前糟迷列腺明显肿沃然大，可压迫后尿道而出现尿流变细、排尿无力及尿流中断等　　 女性生殖系统沙眼衣原体感染的症状为：女性感染沙眼衣原体不限于尿道，可累及整个泌尿生殖器官，此类感染常因缺乏自觉症状或症状轻微而忽视了治疗，造成传染源而扩散，形成危害。女性沙眼衣原体感染的症状同样要比男性感染引起的症状要多，其主要感染部位为宫颈洞报缘，其后遗症多导致不孕症。