台湾人(生父)认领大陆的非婚生子女时，必须先与大陆女子（生母）在大陆当地县、市公证处办理小孩的出生及认领公证书与生母怀孕期间未婚的公证书，若在大陆办理DNA血亲关系鉴定的话也要办理公证，然后持公证书返台，向海基会请求文书验证，於完成验证后，即可向生父在台湾户籍所在地的户政事务所办理认领户籍登记。
父...或母为大陆地区人民，在大陆地区出生子女，向境管局申请定居证副本入境后，再向境管局换发定居证函送户籍地户政事务所办理初设户籍
向台湾境管局申请小孩定居台湾之手续准备文件:
1. 大陆小孩的常住人口登记卡影本
2. 大陆小孩照片
3. 大陆小孩医院出生证明正本
4. 大陆预防接种影本
5. 大陆上述公证书
6. 大陆户籍誊本
7. 大陆派出所保证书
8. 生父的身分证影本
9. 除籍切结书
10.境管局与海基会委托书
经过这样的手续认领，小孩可以获取台湾身分证，与婚生子女同效力
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若小孩尚未在大陆入户籍,我问过一些人,有些人说不用,你可以先试看看.
1. 请女方办理未婚公证书
2. 到大陆办理认领手续并办理公证书
3. 与小朋友与女方三人向公立医院办理DNA血亲鉴定并公证
4. 回台湾办理法院认领确认
5. 向户政事务所办理认领登记
6. 向户政事务所办理子女回台定居手续
8. 大陆办理除籍公证书(小朋友若有登入户籍的话)
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台湾地区与大陆地区人民关系条例
第41条：
台湾地区人民与大陆地区人民间之民事事件，除本条例另有规定外，适用台湾地区之法律。大陆地区人民相互间及其与外国人间之民事事件，除本条例另有规定外，适用大陆地区之规定。本章所称行为地、订约地、发生地、履行地、所在地、诉讼地或仲裁地，指在台湾地区或大陆地区。
第55条：
非婚生子女认领之成立要件，依各该认领人被认领人认领时设籍地区之规定。认领之效力，依认领人设籍地区之规定。
民法
第1065条：
非婚生子女经生父认领者，视为婚生子女。其经生父抚育者，视为认领。非婚生子女与其生母之关系，视为婚生子女，无须认领。
认领登记：
提出申请之人,可为以下任一者,
a.认领人
b.认领人不为前项之申请，以被认领人为申请人
c.利害关系人(无上列申请人时)
d.受委托人 (有正当理由，经户政机关核准者应附委托书。
http://www.taynhr.gov.tw/cht/download/doc03.pdf
http://www.taynhr.gov.tw/cht/download/doc03.doc
应备证件及注意事项
一般认领：认领同意书、生父母户籍誊本。
判决认领：法院判决书及判决确定证明书。
抚育认领：生父抚育证明文件。
申请人印章(或签名)、户口名簿、身分证暨被认领人之户口名簿、已领国民身分证者之国民身分证。
非婚生子女经生父认领者，原则上被认领人从母姓；如欲从父姓者，应提凭父母双方约定书。
http://www.taynhr.gov.tw/cht/download/doc06.pdf
http://www.taynhr.gov.tw/cht/download/doc06.doc
有夫之妇与其它男子同居所生子女之出生登记，在其本人或夫未向法院提起否认之诉获胜诉判决之前，应先登记为夫之婚生子女，俟判决确定非其夫之子女，更正为非婚生子女，才能为同居之男子认领。
外国人认领本国子女时，应提符合我国及该国认领成立要件有关法令规定文件或法院认领公证书，并依规定办理丧失国籍、注销户籍登记手续。
在国外出生者，一律俟其入境后，依规定向入出境管理局申请核发定居证后，始得凭以办理迁入登记。
大陆地区开具之出生证明书应经海基会及海协会认证。
大约就是这样的流程.