新生儿是可以选择户口跟父母任何一方走的，所以你只要准备好你们的结婚证明，小孩的出生医疗证今侨明及你在南京的户口本就可以申报了。但是各地的公安机关都有大同小异的规定，在最抹栋祸好到当地派出抗荒所去了解下吧。