您好，自然流产后宫内干净还是会肚子痛，主要是由于子宫收缩引起的，怀孕后子宫有增大，流产后，子宫需要恢复到未孕的状态，所以需要出现收缩疼痛，是正常的，可以服用一些促进子宫恢复的药。祝你健康。