如果三个月的小孩阴茎比较短小但睾丸比较大，这种情况一般需首先考虑腹股沟斜疝或者睾丸鞘膜积液的可能性比较大，因为腹股沟斜疝或者睾丸鞘膜积液可能导致腹股沟区或者阴囊区形成局部包块，导致阴囊区睾丸增大的表现。