五个月的宝宝发热39度的原因主要是由病毒性感冒引起，宝宝在发热期间要注意温度变化的，免着凉，在高热期间，最好不要添加辅食，严重的情况下最好是先物理降温治疗观察，或者是医院检查一下化验一下血常规，在及时的对症治疗。