肛瘘的治疗原则是手术为主，因为只有进行手术，才能找到原发的内口，并把 感染 的肛窦、肛门腺及其导管切除干净，这是肛瘘治疗的关键。患者以适当休息、合理营养为主，选择性使用药物为辅。应忌酒、防止过劳。用药要掌握宜简不宜繁。经过治疗90%以上的患者可以完全治愈。在饮食方面要忌辛辣、忌酒等。