试管婴儿存在先天缺陷的可能性是普通婴儿的两到四倍，这些缺陷包括心瓣畸形、唇颚裂，以及肠脏或食道发育不良，以致消化系统异常等。其中，试管婴儿发生先天心脏缺陷的可能性是正常婴儿的两到三倍，天生唇裂的风险是普通婴儿的两倍，先天肠胃缺陷的风险是普通婴儿的四倍。