水污染主要有三种：物理污染、生物污染和化学污染。水烧开只能对付其中一部分生物污染，而对于危害较大的物理污染和危害极大的化学污染，根本奈何不了。 我国自来水普遍采用氯气来杀菌、消毒，但是杀菌消毒同时，氯也破坏了水中的营养。从水厂到居民家中漫长的输送管道产生的污染，镀锌管长时间使用、锈蚀或洞穿，产生大量锈蚀物，这些都不是水烧开所能解决的。以及二次供水的水塔大部分长期无人清理和管理，蛋点岩造成了新的污染。 自来水烧开后，细菌虽被杀死，但其尸体仍残留水中，并成为一种过敏性物质，饮用后仍会对人体产生不良作用，如头痛、低热、肠胃不适、关节炎等。自来水烧急尺开对重金属砷化氰化亚硝酸盐等有害物质，特别是耀栋有机污染（农药、杀虫剂、除草剂、合成洗调剂）是奈何不了的，相反烧开后的自来水还会使水中各种有害有毒物质的浓度增加。自来水烧开可除去大多数挥发性的有机物（如三氯甲烷），但自来水中有机物致癌突变活性大多源于非挥发性有机物（如三氯乙酸）。因此自来水烧开后其浓缩物的突发性变而比水增加。用铝式容器烧水时，水中的亚硝酸氮(一种强烈的致癌物质）会随煮沸而大大增多，这些物质对人体所造成伤害远比水中的细菌更可怕。