由于目前，地球上的每种生物都拥有不同的DNA序列，而人类的基因尤其复杂，所以没有任何两个无关的个体的DNA的序列是完全相同。尽管如此，子代的DNA仍有一半来自父亲，一半来自母亲，所以X染色体与Y染色体（性别染色体）仍然可以与父母所遗传的那部份染色体相匹配。这也意味着只有拥有血缘关系的父子才可能在一定...的位点上拥有相同的DNA序列。亲子鉴定正是通过这一原理进行鉴定的。由于它的复杂性与独立性，而且可以同时检测多个位点，所以可以得到非常高的准确性。