领证后，接受罚款，再户口。

先补办结婚证，然后孩子是未婚先育的，上户口还是要罚点钱的，然后再办个准生二胎的证明才生孩子吧，而且要咨询下生二胎的时间间隔是多久，不要又被罚款了。

先领结婚证，然后才能给小孩上户口，否则很麻烦，还有可能办不上，至于罚款，好像没有这个规定吧，可能不同地方不一样吧，一胎先天性残疾的可以生二胎，具体政策要到当地部门咨询

个人观点，你这个补办结婚登记后，孩子上户口应该没有问题，还有，第一个孩子天生残疾，按规定可以办理二胎准生证。具体做法你到计生部门去咨询。