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大三阳除了传染性之外，对肝脏造成的损伤程度也很大，患者体内病毒的不断复制会造成肝细胞渐进性碎屑化坏死，肝小叶遭到结构性破坏，肝功能失调，值得注意的是，大三阳患者肝功能不正常后，绝大部分将会发展为肝硬化。
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