巧克力囊肿手术是子宫内膜异位引起，手术后需要采取药物抑制月经来潮，减少内膜异位的复发。但是这个药物主要是抑制脑垂体分泌促性腺激素分泌，来抑制卵巢分泌激素，从而抑制内膜增生脱落出血，需要一个过程，对于已经增生的内膜没有作用，还是会来月经，这个是正常现象。后面逐渐停经。