因为地下组织为了防止新一把看见他们做的坏事泄露出去,给他喂了毒药.原来以为柯南会死的,没想到这是让人变小的药物.是一个叫宫野志保的女生制造的.后来宫野志保为了脱离组织也吃了这种药,变小.改名叫灰原哀. 名侦探柯南貌以还没有完结的迹像吧```

因为他看见了黑暗组织的交易,他们把新一打晕后就给他吃了一种毒药.

APTX4869,一种让细胞自动死亡的药，但对工滕新一（柯南）起了神奇的作用…………就变小了。 看剧场版应该有介绍的啊。 还有，结局还没出…………………… 等待吧！

高中生侦探工藤新一某一天在调查事件（第一集“云霄飞车杀人事件”）途中，目睹了黑衣人正在进行可疑交易。但没有料到，另一名黑衣人（琴酒）从后面接近打晕并强灌毒药APTX4869，致使身体变小。为了不暴露身份和寻找黑衣人，工藤新一化名为“江户川柯南”，寄住在青梅竹马毛利兰的家中，想借助毛利兰的父亲毛利小五...郎（侦探）来找寻黑衣组织。不料小五郎经常做一些“发育不良”的错误推理。作为侦探，柯南实在看不下去，帮助小五郎破了许多案子，大叔得以名声大震，成为“沉睡的小五郎”，并继续追踪黑衣组织及其成员。