你好，疱疹性咽峡炎主要是疱疹病毒感染，而扁桃体炎一般来说是细菌感染。疱疹性咽峡炎的治疗主要以抗病毒为主，而扁桃体炎主要是以消炎为主，两者大致的治疗当差不多。