扁桃体可产生淋巴细胞和抗体，故具有抗细菌抗病毒的防御功能。咽部是饮食和呼吸气的必经之路，经常接触较易隐藏病菌和异物。咽部丰富的淋巴组织和扁桃体执行着机体这一特殊区域的防御保护任务。不过此处也易遭受溶血性链球菌。葡萄球菌和肺炎球菌等到病菌和侵袭而发炎。这些细菌通常就存在于人的咽部和扁桃体隐窝内。