沙眼衣原体能引起多种疾病，如沙眼，沙眼必须及时合理的治疗，因为沙眼可能引起并发症影响视力。针对沙眼的治疗，可以用敏感药物抗感染治疗，如大环内酯类抗生素、氟喹诺类抗生素、四环素等。