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手足口病主要在手心、脚心、肛周索揭糕、咽喉部长疱，而疱疹性咽颊炎主要在咽喉后壁长疱，患者劳貌在刚开始发烧，还没有出捆糟疹时很难区分，除非到医院检测是哪种病毒。
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部分手足口病患儿口腔未见疱疹，但也可以先于口腔部位出现疱疹，之后再出现手、足、臀、膝关节、肘关节等部位的皮疹。从诊断来看，疱疹性咽颊炎仅于口腔咽腭部位、腭垂的黏膜上或口腔其他部位出现疱疹。手足口病在手、足、臀、膝关节、肘关节等部位出现斑丘疹、疱疹。
手足口病和疱疹性咽颊炎在治疗上原则都一样，即对症治疗，如局部如果皮疹转为疱疹，抓破后出现感染时，可以局部使用消炎药；中低烧时采用物理降温即可，可用冰袋冷敷、酒精擦拭等方法；为防止电解质紊乱需补充液体；发烧时小孩消耗体内组织蛋白、维生素比较多，可以给小孩吃些清淡的水果，高蛋白的饮食等。