您好，根据您的描述，这是孩子牙疼引起的，两岁半的小孩拔了三颗发黑的牙的话，蛀牙还是挺严重的，牙龈出现疼痛也就不奇怪了。对于小孩子来说这些疼痛是很难忍受的，所以半夜才会哭闹，建议到医院寻找专业牙医进行处理，省得孩子难受大人也不安心。