肛乳头增生的治疗以手术切除为主，术后一般不会发生并发症和后遗症。肛乳头虽为良性肿瘤，但肛乳头的发生主要与肛窦炎有着密切的关系，二者互为因果。虽然手术治疗对肛乳头是根治性的，但要严格掌握其手术时机，要根据其病情不同时期的发展，采用相应的治疗方法。