肛门脓肿一旦形成，应立即早期切开，减低局部张力，以阻断其扩散和向四周的蔓延；在脓肿清创时，应切除病变的肛隐窝，尽可能寻找内口所在；不论何种肛周脓肿，均应予以一次性根治，不留肛瘘等症；对于不同类型肛周脓肿，宜选择不同切口，以保证根治术的彻底成功。