大部分的先天性心脏病需要通过手术治疗，但一般自行闭合可能性很少只有动脉导管未闭、小型房间隔缺损、小型室肆点间隔缺损等先天性心脏病有自愈可能，先天性心脏病自愈多在1岁内发生，超过一岁则基本没有先天性心脏病自愈可能。另外绝大多数缺损口径小于0.5厘米的房间隔缺损无脑锈否需治疗。手术治疗适用于各种简单的先天性脂瓣心脏病及复杂的先天性心脏病(如合并肺动脉高压的先心病、法乐氏四联症以及其他有紫绀现象的心脏病)。介入治疗主要适用于动脉导管未闭、房间隔缺损患儿。