新生儿晚期代谢性酸中毒的发病原因是内源性酸训垃产生与肾脏泌酸之间的不患匪平衡性，也即酸产生的正平衡有关。这种不平衡性可源于眨哑凡内源性蛋白质合成酸异常升高、肾泌酸异常减低或两者兼而有之。