三个月的宝宝大便在这种情况的原因主要是有消化不良引起的，和妈妈吃了不好消化的食物都是有关系的，宝宝晚上要注意肚脐保暖，如果症状严重的情况下口服一些调理肠胃的药物治疗，宝宝，如果出现腹泻发热等症状最好是及时去医院治疗观察。