婴幼儿腹泻病好发的另一个重要原因是免疫系统的发育不完善，婴幼儿的肠道菌群没有发育到成人的水平，容易出现肠道菌群失调，肠粘膜一旦受到外界的病毒或者感染以后，粘膜屏障功能将受到破坏，所以容易出现腹泻，还有婴幼儿在免疫功能发育不完善的时候，也很容易受到外界的感染。此外婴幼儿各个脏器，如神经系统、肾脏、肝脏...的发育也没完善，一旦出现较为严重的脱水，而自身有不能调节的时候，也会出现腹泻。