你好！巧克力囊肿和黄体囊肿的区别在于：卵巢巧克力囊肿是指异位的子宫内膜在卵巢内种植，使卵巢内的子宫内膜在性激素的作用下，反复出血，造成卵巢的增大，形成内含陈旧性积血的囊肿；而黄体囊肿是指囊性黄体持续存在或增长，或者黄体血肿含血量较多，血液被吸收后导致的囊肿。建议到医院来进行具体的检查，祝早日康复！

因此病属于代谢性疾病手术容易反复复发，建议系统调理治疗。