小儿普通外科专业
1955年张金哲院士开创小儿外科事业以来，普通外科专业一直是重点专业和基础专业，并由此派生出其他专业。现有病床30张，每年平均完成手术500余例。40多年来，儿童常见外科疾病如先天性巨结肠，已治疗近3000余例，手术方式从张金哲教授发明改进的环钳方法，到使用胃肠吻合器，再到近年来实...行的腹腔镜根治术和经肛门改良soave术式取得了一系列成绩，国内享有声誉，国际亦有影响。经过实验研究对先天性胆总管扩张症，设计应用了加强防返流措施的胆道-空肠Y型吻合加矩形瓣成型术，有效地防止返流。我院设计的这种胆肠吻合防返流矩形瓣手术，得到了国内同道的推广应用。此设计也引起了国际上的兴趣，日本仙台（胆道闭锁手术创造单位）将此手术引用为常规技术。到目前为止，此类手术已做300余例，近期、远期效果均较满意。
普外专业在诊断、治疗大量患儿及疑难病症的病例中，积累了大量的经验。多年来，通过医疗、科研对一些疾病如先天性肛门直肠畸形、先天性肝胆脾胰疾病等的术前诊断和术后处理均进行不断的改进与完善，对其手术技术不断的进行了创新，减少或消灭其术后并发症。肛门直肠畸形和一穴肛的功能性修复水平不断提高，对排便控制，排便功能训练的研究不断深入。肠内肠外营养已广泛用于临床。在临床、科研新型手术、方法设计方面总结发表了论文200余篇，获卫生部、北京市科技进步奖多次，并有专著数本。
本专业拥有国内外著名专家数名，并有数名拥有博士、硕士学位的医生。
专业组主要医师：魏临麒 邱晓红 陈亚军 王大勇
普外诊治的病种:
先天性巨结肠、先天性胆总管囊肿、消化道出血、甲状舌骨囊肿（瘘）、甲状腺疾病、先天性肛门直肠畸形、后天性肛门直肠疾患、门脉高压、消化道畸形、肝脾大、大网膜囊肿等腹部肿物、腹壁疝、腹股沟斜疝等。
小儿急症外科专业
北京儿童医院小儿急症外科专业于1983年率先在中国成立。著名小儿外科专家、工程院院士张金哲教授是小儿急症外科的开创者和首席专家。目前有床位30张，主任医师1人，副主任医师1人，主治医师2人。每年收治各种外科急症患儿1200人次，年收治各类型创伤危重病儿200人次。年手术800余人次，年危重病儿抢救350人次。
小儿外科急症专业是国内首创的、唯一的综合治疗小儿各种外科急症的专业，该专业已具备专业医护人员、专业病房、抢救室、监护室、急症抢救设备、急诊室和复诊随诊门诊。擅长诊断与治疗小儿急腹症、急性创伤，急性感染等急性外科疑难重症。
小儿急症专业在诊断和治疗阑尾炎、肠套叠、各种肠梗阻、美克尔憩室、消化道重复畸形、嵌顿性腹股沟斜疝、胰腺炎、消化道出血、消化道穿孔、软组织感染、急慢性腹痛、阴囊急症等疾病具有丰富的经验。诊断和治疗急腹症的综合水平居国内领先地位。目前开展了腹腔镜小儿阑尾切除术、腹腔镜美克尔憩室切除术、腹腔镜慢性腹痛的探查、腹腔镜肠系膜淋巴结活检术等，达到了很好的临床效果。
小儿急症专业在综合性诊断与治疗小儿复合性创伤、危重性创伤、难治性创伤方面具有很高的造旨，拥有专职治疗颅脑外伤、胸部外伤、腹部外伤、创伤骨伤、泌尿系外伤的专家。已具备规范化诊断、治疗小儿创伤的医疗体系。
小儿急症专业在我国最早开展了小儿临床营养的研究，应用肠内营养、肠外营养治疗各种小儿营养不良者、肠造瘘病人、长期禁食病人、肿瘤化疗病人、消化道功能障碍病人、危重病人取得了良好的疗效。已形成了完善的、统一的、规范的临床营养体系。
小儿急症专业是小儿外科医师、护士培训基地。是培养小儿急症专业医师的摇篮，与国内外有广泛的交流。已发表论文、论著数十篇，曾获北京市和北京卫生局科技进步奖，正在主编《小儿急腹症学》、《小儿创伤学》，参与编著了《临床肠内和肠外营养》、《肠内营养》、《儿科新进展》等书籍。急症专业专家现担任中国临床营养杂志编委，北京市肠内肠外营养学组委员。已派遣数位医师赴国外、港澳地区学习交流。