光疗相当安全，虽有副作用，但一般并无危险。常见副作用有发热、腹泻、皮疹。因为光能穿透薄的阴囊皮肤，甚至到达卵巢，虽然有限深度引起生殖腺损伤的可能性极小，但光疗期间要用尿布遮盖生殖腺。由于强光线照射能够损伤视网膜，结膜充血、角膜溃疡等，故光疗时必须用眼罩保护眼睛，只要做好保护，并无影响。