问题一个一个回答，你也慢慢仔细看，因为涉及一些法律规定，我尽量让你理解明白，我打这么多字就不嫌麻烦，你只用看看就更不麻烦。为的是让你明白！！！！
先来回答你的第一问！
06年生育一个女儿，09年生育第二胎，问题的关键在于生育第二胎的时候你们夫妇有计生部门审核发放的生育证吗？如果有，那就是合法生育不...需要罚款。如果没有生育证，那么就是计划外生育，也就是通俗说的“超生”是需要交纳社会抚养费的，也就是超生罚款！！！！
再来回答你的第二问，怎样罚款。
首先可以肯定的是，你们夫妇都是农村户籍，而且第一个子女是女孩是符合《江西省人口与计划生育条例》的生育规定。换句话说你们夫妇是符合生育二胎条件的！！！
但是符合生育条件，没有向计生部门递交生育申请，计生部门也没有审核批准，虽然符合生育条件，但是同样属于超生，还是需要交纳社会抚养费的。但是处罚的力度相对要少得多！！
根据《江西省社会抚养费征收管理办法》不符合计生条例生育二胎的，按照夫妻双方上一年度人均可支配收入的3.5倍进行征收社会抚养费。
我在网上实在查询不到2008年你们县人均可支配收入是多少，我只能给你查询到2011年的农村居民人均可支配收入为5406元。也就是你的5406加上你爱人的5406然后乘以3.5就是需要交纳的社会抚养费（5406+5406）*3.5=37842元！！这是2012年的处罚标准，你小孩是09年的，要比这个少一点！因为我查询不到08年的收入！！！！
37842这是需要交纳的社会抚养费！！！！
但是《江西省社会抚养费征收管理办法》又规定：
1．生育间隔期不满1周年的，按本办法第六条第一项规定标准的40％征收；
2.生育间隔期达到l周年、不满2周年的，按本办法第六条第一项规定标准的30％征收；
3．生育间隔期达到2周年、不满3周年的，按本办法第六条第一项规定标准的20％征收；
4．生育间隔期达到3周年、不满4周年的，按本办法第六条第一项规定标准的10％征收。
你们夫妇是06年生育女儿，09年有生育二胎，应该是第三条规定：“生育间隔期达到2周年、不满3周年的”。
处罚是标准的20%，这个标准就是37842。37842的20%就是7568.4元！
你们夫妇只需要交纳7568.4元的超生罚款！！！！！！！！
不知道说了这么多你明白没有？？如果没有明白请继续追加提问！！这个7568.4是2012年的处罚标准！！具体2009年要比这个少的多！！！具体是多少，我前面已经说了，我查询不到你们县2008年的人均可支配收入，只能查到2011年！！！！！！