单侧巧克力囊肿能怀孕。左侧卵巢巧克力囊肿，它是子宫内膜异位症的一种特殊表现，内异症是导致不孕的常见原因之一，因为它可能影响卵巢排卵、输卵管通畅，所以不知道你的不孕是不是因为它的事。而且你的巧囊确实到了手术的程度，建议你监测一下排卵，如果左侧排卵不好的话，最好手术处理一下，术后正规治疗3个月，好要孩子...。手术现在都很简单，一般腹腔镜就行，恢复快，损伤小，术后避孕时间短。