3讲的是康纳他爸被派去美洲找一个传说中的遗迹，所以你前三章玩的是康纳他爸，第四章玩的那个小孩就是康纳小时候，（他爸和那个印第安女人生的），第五章是康纳已经长大了。
如果你仔细看剧情的话，就会知道，康纳他爸在美洲建立的组织是圣殿骑士。而康纳加入的组织是刺客组织。
这个游戏主要讲的是戴斯蒙（游戏里现实世...界的主角），为了找到金苹果的秘密来到一处史前文明的遗迹。
首先玩家控制的是康纳的父亲，先开始夺取了一个护符，然后组织命他前往新大陆寻找古人遗迹。
经历船只遇袭事件后。终于来到殖民地组织起了一个组织
章节的最后我们得知这个组织居然是圣殿骑士
原来他的父亲是个刺客中的叛徒。
接着玩家控制长大的康纳，历经年幼丧母的重要剧情后，在先行者通讯器的协助下与古人联系，受到指引后找到了刺客组织。
之后逐渐沦入爱国者起义的洪流，期间与其父为了各自的目的一同铲除圣殿骑士的成员（背叛了骑士团）
也与华盛顿等人一起为革命立下汗马功劳，但是因为白人对印第安人的种种暴行最后分道扬镳。
华盛顿决定放过最后的魔头查尔斯 李，但是苦大仇深的康纳为了新仇旧恨最后还是决定孤身一人去追杀他。
在爱国者的舰队的协助下终于潜入查尔斯的城堡却发现查尔斯被他父亲放走了，其父坚信此人是美国的救星。怒火中烧的康纳最后偷袭险胜父亲。
之后在一个骑士团党羽的聚会中再次寻获查尔斯，但是还是失之交臂。
最后在查尔斯准备逃回英国之前终于抓到了他！一番追逐后重伤的二人在一所酒馆中对饮一杯。然后康纳手起刀落结束了自己的复仇并夺取了护身符。
接着康纳再次回到部族营地，族人已经离开迁往更深处的内陆。但是却留下了联络装置。
先行者告诉康纳藏好护身符，终有一天会有人来取回此物。
至此回忆结束。
最终主角打开了遗迹大门，却发现等待他的只有更多坑爹阴谋。
原来这里不仅是拯救世界的关键，还封印的是已经数字化的一位先行者的意识，启动装置可以拯救世界但是同时会释放她。这个先行者会再次奴役世界。
而不释放她，世界会被毁灭，而幸存的呆死萌会成为新的“耶稣”被人们永远铭记成为永恒的传说。
戴斯蒙决定先拯救世界（没得选），因为他坚信终会有人站出来消灭这个魔头。
最终他因启动装置而被烤的外焦里嫩。他的父亲和其他人得以幸免。
字幕中再次出现影像，被释放的先行者说道“你很好的扮演了自己的角色，现在，该我了“（新魔头诞生）
字幕放完会再次出现康纳的剧情，他将仇人的照片扔进壁炉，走出房门后便是自由模式。。。。